牦牛(Bos grunniens) 经长期演化形成了独特的表型以适应青藏高原低氧、寒冷、强紫外等极端条件。发达的被毛系统，尤其是腹部长毛是牦牛区别于其它牛种的典型特征。牦牛的腹被长毛也被称为裙毛。裙毛对牦牛适应高寒雪地条件有重要功能，但目前，牦牛裙毛的组织学特征还不明确，影响其发育的候选基因也尚未得到解析。本研究首先对成年牦牛腹部和肩部毛发进行了测量，并对皮肤组织进行苏木精-伊红（H&E）染色，发现腹部毛发长度、单位毛囊数量显著高于肩部。随后对腹部和肩部皮肤组织进行转录组与甲基化组测序分析，结果发现，两组皮肤组织中共鉴定出696个差异表达基因（DEGs）和124个差异甲基化基因 (DMGs)，联合分析筛选得到6个重叠基因，其中成纤维细胞生长因子结合蛋白1(FGFBP1)和配对样同源框1 (PITX1) 为核心候选基因。基因表达检测结果显示，FGFBP1和PITX1转录本在牦牛腹部毛发中表达量分别是肩部的2.74倍和3.67倍，免疫荧光检测显示FGFBP1和PITX1在牦牛腹部和肩部的毛囊细胞中表达，Western blot结果显示，FGFBP1和PITX1在腹部毛发中的蛋白表达量显著高于肩部，FGFBP1敲降结果显示，FGFBP1低表达能降低牦牛腹部毛囊细胞增殖活性。本研究为FGFBP1和PITX1在反刍动物毛囊生物学中的功能提供了新证据，对后续研究牦牛裙毛特殊性状奠定了数据基础。