城市化进程显著增加了人类与野生动物之间的接触频率，提高了人兽共患病的溢出风险。本研究系统整合分析了全球1222个城市适应哺乳动物的病毒组测序文库，涵盖6目17科39个物种，共鉴定出578种病毒。病毒多样性分析显示，啮齿目动物携带的病毒种类显著多于翼手目。Mantel检验与矩阵多元回归分析表明，系统发育距离、气候和地理距离共同驱动了宿主目间的病毒组差异。病毒共享网络提示褐家鼠、黄胸鼠、小家鼠和黑线姬鼠是高中心性物种，可能在病毒跨宿主传播中扮演重要角色。广义加性模型分析进一步揭示，人类相关病毒丰富度与种群个体数和CPC2正相关，提示较大种群和湿润环境可能有利于病毒维持与传播；而与LPC1和CPC1负相关，表明慢生活史物种携带病毒较少，炎热、气候稳定区域病毒丰富度较低。此外，人类相关病毒丰富度与城市化水平和LPC2呈非线性关系，在中等城市化区域和中等体型物种中达到最高。综上，本研究通过分析宏病毒组测序数据，揭示了城市适应哺乳动物病毒多样性规律与生态驱动机制，识别了潜在的高风险宿主类群，为城市传染病风险预警和野生动物源疫病防控提供了理论依据。