褐家鼠（Rattus norvegicus）和黄胸鼠（Rattus tanezumi）是海南热带地区近缘种，微环境分离被认为是共存的重要机制。肠道微生物在调节宿主生理功能和适应环境变化上发挥重要作用，因此，比较其同一生境下肠道微生物组成及功能差异，有助于从生理功能角度探讨其共存机制。为精准鉴定物种，本研究参考形态学指标，并结合COI基因DNA条形码技术区分捕获的鼠类物种。通过16S rDNA高通量测序分析，测定褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物群落和功能特征。结果显示，经COI基因测序鉴定，确认34只家栖鼠中27只为褐家鼠、7只为黄胸鼠。黄胸鼠和褐家鼠肠道微生物的Alpha多样性（Shannon指数）和Beta多样性差异显著，而同种鼠不同性别的个体肠道微生物多样性无显著差异；两鼠种在门、科、属水平的差异及菌群功能预测显示不同鼠种独特的生态适应性，具体表现为褐家鼠变形菌门（Proteobacteria）、乳杆菌科（Lactobacillaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）等丰度高，具有杂食倾向，而黄胸鼠厚壁菌门/拟杆菌门比值较高，鼠杆菌科（Muribaculaceae）和毛螺菌科（Lachnospiraceae）等纤维分解菌丰度高、碳代谢（Carbon metabolism）、氨基酸生物合成（Biosynthesis of amino acids）通路活跃，具有植食性倾向。本研究说明，褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物结构和功能存在显著差异，说明两者在食性偏好与生态适应策略上存在分异。本研究提出，肠道微生物差异与微环境分离协同作用可能有利于减少种间竞争，促进同域共存，为热带地区近缘鼠类物种共存机制研究提供了新的视角。