2023年，我们在开展翼手类调查过程中，发现采自云南南部的4号鼠耳蝠标本与中国西南地区已记录的鼠耳蝠物种差异明显。其中3号标本背毛呈黑色、腹毛呈棕灰色、翼膜后缘附着于后足第一趾基部、头骨矢状嵴发达、第三上前臼齿（P³）显著向舌侧偏移，这些特征与印支鼠耳蝠（Myotis indochinensis）特征一致。另外1号标本背毛棕黑色、腹毛棕黄色、耳屏长度不足耳长之半、翼膜后缘附着于后足跖骨、头骨矢状嵴发育微弱、第三上前臼齿（P³）齿基面积约为第二上前臼齿（P²）的一半，这些特征与霍氏鼠耳蝠（Myotis horsfieldii）相符。基于Cyt b重建的系统发育关系及遗传距离也支持它们分别属于印支鼠耳蝠和霍氏鼠耳蝠。本研究首次确认印支鼠耳蝠（M. indochinensis）与霍氏鼠耳蝠（M. horsfieldii）均分别为云南省新纪录。