雅鲁藏布江流域位于青藏高原南部，是青藏高原生物区系与南亚、东南亚生物区系的交汇区域，地形起伏强烈、垂直气候差异显著，孕育了丰富且独特的大中型哺乳动物多样性。现有监测仍主要依赖传统野外样线调查与红外相机技术，但受高原环境严苛、区域尺度大及物种隐蔽性强等因素限制，在大尺度山地生态系统物种识别完整性及遗传证据获取方面存在不足。为此，本研究基于野外调查在雅鲁藏布江中上游及部分下游高海拔区域采集大中型哺乳动物样品162份（粪便156份、组织等样品6份），开展宏基因组测序与宿主物种鉴定。对原始测序数据进行质量控制与宿主序列筛选后，联合Sylph平均核苷酸一致性（ANI）判定与Kraken2 k-mer分类注释结果，在脊索动物门（Chordata）范围内进行交叉验证与综合判定。结果共鉴定宿主物种16种，除去人类及家畜物种，共记录12个野生哺乳动物分类单元，包括白唇鹿（Przewalskium albirostris）、喜马拉雅斑羚（Naemorhedus goral）、喜马拉雅塔尔羊（Hemitragus jemlahicus）、熊属（Ursus sp.）、狼（Canis lupus）、豹猫（Prionailurus bengalensis）、野猪（Sus scrofa）、岩羊（Pseudois nayaur）、马麝（Moschus chrysogaster）和赤狐（Vulpes vulpes）等多种高原特有或国家重点保护野生哺乳动物。研究表明，基于粪便宏基因组数据的宿主物种识别在高原大尺度监测中具有可行性与可靠性，并在研究区尺度尺度上形成了可共享、可更新的大中型哺乳动物遗传参考信息，为后续利用非侵入式样品开展野生动物监测、生物多样性评估与长期动态研究提供数据与技术支撑。