海南褐家鼠和黄胸鼠肠道菌群差异及共存机制探讨

doi:10.16829/j.slxb.151156

摘要/Abstract

摘要：

褐家鼠（Rattus norvegicus）和黄胸鼠（Rattus tanezumi）是海南热带地区近缘种，微环境分离被认为是共存的重要机制。肠道微生物在调节宿主生理功能和适应环境变化上发挥重要作用，因此，比较两鼠种同一生境下肠道微生物组成及功能差异，有助于从生理功能角度探讨其共存机制。为精准鉴定物种，本研究参考形态学指标，并结合COI基因DNA条形码技术区分捕获的鼠类物种。通过16S rDNA高通量测序分析，测定褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物群落和功能特征。结果显示，经COI基因测序鉴定，确认34只家栖鼠中27只为褐家鼠、7只为黄胸鼠。黄胸鼠和褐家鼠肠道微生物的Alpha多样性（Shannon指数）和Beta多样性差异显著，而同种鼠不同性别的个体肠道微生物多样性无显著差异；两鼠种在门、科、属水平的差异及菌群功能预测显示不同鼠种独特的生态适应性，具体表现为褐家鼠肠道中假单胞菌门（Pseudomonadota）、乳杆菌科（Lactobacillaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）等丰度高，具有杂食倾向；而黄胸鼠肠道中芽孢杆菌门（Bacillota）/拟杆菌门（Bacteroidota）比值较高，鼠杆菌科（Muribaculaceae）和毛螺菌科（Lachnospiraceae）等纤维分解菌丰度高，碳代谢和氨基酸生物合成通路活跃，具有植食性倾向。本研究发现，褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物结构和功能存在显著差异，说明两者在食性偏好与生态适应策略上存在分异。本研究提出，肠道微生物差异与微环境分离协同作用可能有利于减少种间竞争，促进同域共存，为热带地区近缘鼠类物种共存机制研究提供了新的视角。

关键词: 家栖鼠, DNA条形码, 近缘种, 肠道微生物, 物种共存, 生态适应

Abstract:

The norway rat (Rattus norvegicus) and the Asian house rat (Rattus tanezumi) are closely related species inhabiting the tropical region of Hainan. Microhabitat segregation is considered an important mechanism for their coexistence. The gut microbiota plays a crucial role in regulating host physiological functions and in adaptation to environmental changes. Therefore, comparing the differences in gut microbial composition and functions between the two closely related species in the same habitat is conducive to elucidating their coexistence mechanisms from a physiological perspective. To accurately identify species, this study combined morphological indicators and the COI gene DNA barcoding to distinguish two rodent species. The gut microbial community structure and its functional characteristics were analyzed using high‑throughput sequencing of 16S rDNA was used to analyze the gut microbial community structure and functional characteristics of the two rat species. The results showed that among 34 rats identified by COI gene sequencing, 27 were R. norvegicus and 7 R. tanezumi. Significant differences were observed in alpha diversity (Shannon index) and beta diversity of gut microbiota between the two species, while no significant differences were found between individuals of different sexes within the same species. Differences in the composition of gut microbiota at the phylum, family, and genus levels, as well as functional predictions, revealed unique ecological adaptations of each species. Specifically, R. norvegicus exhibited higher abundances of Pseudomonadota, Lactobacillaceae, and Lactobacillus, reflecting an omnivorous tendency. In contrast, the ratio of Bacillota to Bacteroidota in the R. tanezumi was higher, and the abundance of fiber‑degrading bacteria, such as Muribaculaceae and Lachnospiraceae, also increased. Additionally, the carbon metabolism and biosynthesis of amino acids pathways were enriched in R. tanezumi, indicating a stronger herbivorous tendency. This study demonstrates that there is a significant difference in the structure and function of gut microbiota between R. norvegicus and R. tanezumi, suggesting divergences in their dietary preferences and ecological adaptation strategies. This study proposes that differences in intestinal microbiota, together with the synergistic effects of microhabitat segregation, reduce interspecific competition and promote sympatric coexistence, thereby providing a new perspective for understanding the coexistence mechanisms of closely related rodent species in tropical regions.

Key words: Commensal rats, DNA barcoding, Congeneric species, Gut microbiota, Species coexistence, Ecological adaptation

中图分类号:

Q958.1

高霄龙, 张万相, 翟红娟, 朱涵毅, 张知彬. 海南褐家鼠和黄胸鼠肠道菌群差异及共存机制探讨[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 705-719.

Xiaolong GAO, Wanxiang ZHANG, Hongjuan ZHAI, Hanyi ZHU, Zhibin ZHANG. The role of gut microbiota differences in the coexistence of norway rats (Rattus norvegicus) and Asian house rats (Rattus tanezumi) in Hainan[J]. ACTA THERIOLOGICA SINICA, 2026, 46(5): 705-719.

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图/表 6

图1 褐家鼠和黄胸鼠形态学指标比较. 褐家鼠（RN）：n = 10；黄胸鼠（RT）：n = 7；雌性褐家鼠（RN‑F）：n = 6；雄性褐家鼠（RN‑M）：n = 4；雌性黄胸鼠（RT‑F）：n = 4；雄性黄胸鼠（RT‑M）：n = 3. Student’s t 检验：***P < 0.001

Fig. 1 Comparison of morphological indices between Rattus norvegicus and Rattus tanezumi. R. norvegicus (RN): n = 10; R. tanezumi (RT): n = 7; female R. norvegicus (RN‑F): n = 6; male R. norvegicus (RN‑M): n = 4; female R. tanezumi (RT‑F): n = 4; male R. tanezumi (RT‑M): n = 3. Student’s t‑test: ***P < 0.001

图2 基于COI基因构建的系统发育树. ★表示鉴定为褐家鼠的27号样本鼠；▲表示鉴定为黄胸鼠的7号样本鼠

Fig. 2 Phylogenetic tree constructed based on the COI gene. ★ represents 27 samples identified as Rattus norvegicus; ▲ represents 7 samples identified as R. tanezumi

图3 褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物Alpha多样性分析（A ~ C）及肠道微生物主坐标分析（PCoA）（D ~ F）. 褐家鼠（RN）：n = 10；黄胸鼠（RT）：n = 7；雌性褐家鼠（RN‑F）：n = 6；雄性褐家鼠（RN‑M）：n = 4；雌性黄胸鼠（RT‑F）：n = 4；雄性黄胸鼠（RT‑M）：n = 3. A ~ C：Student’s t 检验，**P < 0.01；D ~ F：ANOSIM检验

Fig. 3 Alpha diversity analysis (A ‑ C) and principal coordinate analysis (PCoA) (D ‑ F) of gut microbiota in Rattus norvegicus and R. tanezumi. R. norvegicus (RN): n = 10; R. tanezumi (RT): n = 7; female R. norvegicus (RN‑F): n = 6; male R. norvegicus (RN‑M): n = 4; female R. tanezumi (RT‑F): n = 4; male R. tanezumi (RT‑M): n = 3. A ‑ C: Student’s t‑test, **P < 0.01; D ‑ F: ANOSIM test

图4 褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物组成分析. A：门水平；B：科水平；C、D：属水平. 褐家鼠（RN）：n = 10；黄胸鼠（RT）：n = 7；雌性褐家鼠（RN‑F）：n = 6；雄性褐家鼠（RN‑M）：n = 4；雌性黄胸鼠（RT‑F）：n = 4；雄性黄胸鼠（RT‑M）：n = 3

Fig. 4 Composition analysis of gut microbiota in Rattus norvegicus and R. tanezumi.A: At the Phylum level; B: At the Family level; C, D: At the Genus level. R. norvegicus (RN): n = 10; R. tanezumi (RT): n = 7; female R. norvegicus (RN‑F): n = 6; male R. norvegicus (RN‑M): n = 4; female R. tanezumi (RT‑F): n = 4; male R. tanezumi (RT‑M): n = 3

图5 褐家鼠和黄胸鼠肠道微生物组间差异分析. A：门水平；B：科水平；C：属水平. 褐家鼠（RN）：n = 10；黄胸鼠（RT）：n = 7. Wilcoxon 秩和检验，FDR 校正：*q < 0.05，**q < 0.01

Fig. 5 Differential analysis of gut microbiomes between Rattus norvegicus and R. tanezumi. A: At the Phylum level; B: At the Family level; C: At the Genus level. R. norvegicus (RN): n = 10; R. tanezumi (RT): n = 7. Wilcoxon rank‑sum test with FDR correction: *q < 0.05, **q < 0.01

图6 基于PICRUSt2的肠道微生物功能预测分析. A：KEGG 一级功能（Level 1）；B：KEGG 二级功能（Level 2）；C：KEGG 三级功能（Level 3）. 褐家鼠（RN）：n = 10；黄胸鼠（RT）：n = 7. Wilcoxon 秩和检验：*P < 0.05，**P < 0.01

Fig. 6 Functional prediction analysis of gut microbiota based on PICRUSt2. A: KEGG Level 1 functions; B: KEGG Level 2 functions; C: KEGG Level 3 functions. Rattus norvegicus (RN): n = 10; R. tanezumi (RT): n = 7. Wilcoxon rank‑sum test: *P < 0.05, **P < 0.01

参考文献

	Afonso B C， Rosalino L M， Matias G， Valdez V， Carvalho J， Albrecht M， Wauters J，2025. Under pressure：effects of habitat and interspecific interactions on small mammal stress levels and body condition［J］.Mammal Research，71（1）：2.DOI：10.1007/s13364-025-00832-y .
	Bai D P， Lin X Y， Hu Y Q， Chen Z Z， Chen L， Huang Y F， Huang X H， Li J，2021. Metagenomics approach to identify lignocellulose‑degrading enzymes in the gut microbiota of the chinese bamboo rat cecum［J］.Electronic Journal of Biotechnology，50（2021）：29‑36. DOI：10.1016/j.ejbt.2020.12.001 .
	Bird S， Prewer E， Kutz S， Leclerc L M， Vilaça S T， Kyle C J，2019. Geography，seasonality，and host‑associated population structure influence the fecal microbiome of a genetically depauparate arctic mammal［J］.Ecology and Evolution，9（23）：13202‑13217. DOI：10.1002/ece3.5768 .
	Borbón‑García A， Reyes A， Vives‑Flórez M， Caballero S，2017. Captivity shapes the gut microbiota of andean bears：insights into health surveillance［J］.Frontiers in Microbiology，8：1316. DOI：10.3389/fmicb.2017.01316 .
	Chen S， Zhou Y， Chen Y， Gu J，2018. fastp：an ultra‑fast all‑in‑one FASTQ preprocessor［J］.Bioinformatics，34（17）：i884‑i890. DOI：10.1093/bioinformatics/bty560 .
	Del Arco S， Del Arco J M，2025. How rodent species adapt to the food resources of their habitat［J］. Animals，15（13）：1874. DOI：10.3390/ani15131874 .
	Douglas G M， Maffei V J， Zaneveld J R， Yurgel S N， Brown J R， Taylor C M， Huttenhower C， Langille M G I，2020. PICRUSt2 for prediction of metagenome functions［J］. Nature Biotechnology，38（6）：685‑688.DOI：10.1038/s41587- 020-0548-6 .
	Edgar R C，2013. UPARSE：highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads［J］.Nature Publishing Group，10：996‑998. DOI：10.1038/nmeth.2604 .
	Fan C， Xue H， Xu J， Wu M， Chen L， Xu L，2025. Two species of long‑day breeding hamsters exhibit distinct gut microbial responses to photoperiodic variations［J］. Animals，15（11）：1648. DOI：10.3390/ani15111648 .
	Felsenstein J，1985. Confidence limits on phylogenies：an approach using the bootstrap［J］. Evolution，39（4）：783‑791. DOI：10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x .
	Feng A Y T， Himsworth C G，2014. The secret life of the city rat： a review of the ecology of urban norway and black rats（Rattus norvegicus and Rattus rattus）［J］.Urban Ecosystems，17（1）：149‑162. DOI：10.1007/s11252-013-0305-4 .
	Fu H， Zhang L， Fan C， Liu C， Li W， Cheng Q， Zhao X， Jia S， Zhang Y，2021. Environment and host species identity shape gut microbiota diversity in sympatric herbivorous mammals［J］. Microbial Biotechnology，14（4）：1300‑1315. DOI：10.1111/1751-7915.13687 .
	Fujimori S，2021. Humans have intestinal bacteria that degrade the plant cell walls in herbivores［J］. World Journal of Gastroenterology，27（45）：7784‑7791.DOI：10.3748/wjg.v27.i45.7784 .
	Goldstein E J C， Tyrrell K L， Citron D M，2015. Lactobacillus species：taxonomic complexity and controversial susceptibilities［J］. Clinical Infectious Diseases，60（S2）：S98‑S107. DOI：10.1093/cid/civ072 .
	Greene L K， Williams C V， Junge R E， Mahefarisoa K L， Rajaonarivelo T， Rakotondrainibe H， O’Connell T M， Drea C M，2020. A role for gut microbiota in host niche differentiation［J］. ISME Journal，14（7）：1675‑1687.DOI：10.1038/s41396- 020-0640-4 .
	Guo S， Li G， Liu J， Wang J， Lu L， Liu Q，2019. Dispersal route of the Asian house rat（Rattus tanezumi）on mainland of China： insights from microsatellite and mitochondrial DNA［J］. BMC Genetics，20（1）：11. DOI：10.1186/s12863-019-0714-3 .
	Ivanova N V， Clare E L， Borisenko A V，2012. DNA barcoding in mammals［M］//Kress W J，Erickson D L eds.DNA barcodes：methods and protocols.Totowa，NJ：Humana Press， 153‑182. DOI：10.1007/978-1-61779-591-6_8 .
	Janáč M， Šlapanský L， Kopeček L， Prudík B， Mrkvová M， Halačka K， Jurajda P，2022. Fine‑scale microhabitat niche separation allows coexistence of two invasive species［J］. Hydrobiologia，849（19）：4407‑4425.DOI：10.1007/s10750- 022-04998-3 .
	Johnson A J， Vangay P， Al‑Ghalith G A， Hillmann B M， Ward T L， Shields‑Cutler R R， Kim A D， Shmagel A K， Syed A N， Walter J， Menon R， Koecher K， Knights D，2019. Daily sampling reveals personalized diet‑microbiome associations in humans［J］. Cell Host & Microbe，25（6）：789‑802.e5. DOI：10.1016/j.chom.2019.05.005 .
	Kimura M，1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences［J］.Journal of Molecular Evolution，16（2）： 111‑120. DOI：10.1007/BF01731581 .
	Klingbeil E， De La Serre C B，2018. Microbiota modulation by eating patterns and diet composition：impact on food intake［J］. American Journal of Physiology‑Regulatory，Integrative and Comparative Physiology，315（6）：R1254‑R1260.DOI：10.1152/ajpregu.00037.2018 .
	Lan D， Ji W， Lin B， Chen Y， Huang C， Xiong X， Fu M， Mipam T D， Ai Y， Zeng B， Li Y， Cai Z， Zhu J， Zhang D， Li J，2017. Correlations between gut microbiota community structures of Tibetans and geography［J］.Scientific Reports，7 （1）：16982.DOI：10.1038/s41598-017-17194-4 .
	Ley R E， Hamady M， Lozupone C， Turnbaugh P J， Ramey R R， Bircher J S， Schlegel M L， Tucker T A， Schrenzel M D， Knight R， Gordon J I，2008. Evolution of mammals and their gut microbes［J］.Science，320（5883）：1647‑1651. DOI：10.1126/science.1155725 .
	Li J， Huang E， Wu Y， Zhu C， Li W， Ai L， Xie Q， Tian Z， Zhong W， Sun G， Zhang L， Tan W，2024. Population structure，dispersion patterns and genetic diversity of two major invasive and commensal zoonotic disease hosts（Rattus norvegicus and Rattus tanezumi）from the southeastern coast of China［J］. Frontiers in Genetics，14：1174584.DOI：10.3389/fgene. 2023.1174584 .
	Liu Puyu， Wu Qun， Sun Dingwei， Liu Ying， Ou Tingting， Zeng Xuexia，2024. Correlation on rodent density and meteorological factors in Hainan Province from 2012 to 2022［J］. China Tropical Medicine，24（12）：1507‑1512. DOI：10.13604/j.cnki. 46-1064/r.2024.12.12. （in Chinese with English abstract）
	Liu Xiaohui，2022. Discrepancy，paradox，challenges，and strategies in face of national needs for rodent management in China［J］. Journal of Plant Protection，49（1）：407‑414. DOI：10.13802/j.cnki.zwbhxb.2022.2022836. （in Chinese with English abstract）
	Magoč T， Salzberg S L，2011. FLASH： fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies［J］.Bioinformatics，27（21）：2957‑2963. DOI：10.1093/bioinformatics/btr507 .
	Magomedov M S，2021. Microhabitat partitioning in a rodent community in the arid conditions of the south‑western caspian lowland［J］. Journal of Vertebrate Biology，70（1）：20091.1. DOI：10.25225/jvb.20091 .
	Masi E， Pino F A， Santos M das G S， Genehr L， Albuquerque J O M， Bancher A M， Alves J C M，2010. Socioeconomic and environmental risk factors for urban rodent infestation in Sao Paulo，brazil［J］.Journal of Pest Science，83（3）：231‑241.DOI：10.1007/s10340-010-0290-9 .
	Meerburg B G， Singleton G R， Kijlstra A，2009. Rodent‑borne diseases and their risks for public health［J］. Critical Reviews in Microbiology，35（3）：221‑270.DOI：10.1080/10408410902989837 .
	Meng X， Huang G， Wang Z， Niu H， Zhang H，2023. Asymmetric competition for seeds between two sympatric food hoarding rodents：implications for coexistence［J］. Integrative Zoology，18（5）：817‑830. DOI：10.1111/1749-4877.12650 .
	Nei M，1987. The neighbor‑joining method： a new method for reconstructing phylogenetic trees［J］. Molecular Biology and Evolution，4（4）：406‑425. DOI：10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 .
	Neis E P J G， Dejong C H C， Rensen S S，2015. The role of microbial amino acid metabolism in host metabolism［J］. Nutrients，7（4）：2930‑2946. DOI：10.3390/nu7042930 .
	Payne P， Polechová J，2020. Sympatric ecological divergence with coevolution of niche preference［J］.Philosophical Transactions of the Royal Society B： Biological Sciences，375（1806）：20190749. DOI：10.1098/rstb.2019.0749 .
	Reginaldo A A， Ong P S，2021. Small mammal‑microhabitat associations in a disturbed landscape in northern luzon，philippines［J］.Philippine Science Letters，14（1）：51‑64.
	Rondinella D， Raoul P C， Valeriani E， Venturini I， Cintoni M， Severino A， Galli F S， Mora V， Mele M C， Cammarota G， Gasbarrini A， Rinninella E， Ianiro G，2025.The detrimental impact of ultra‑processed foods on the human gut microbiome and gut barrier［J］. Nutrients，17（5）：859. DOI：10.3390/nu17050859 .
	Ross F C， Patangia D， Grimaud G， Lavelle A， Dempsey E M， Ross R P， Stanton C，2024. The interplay between diet and the gut microbiome：implications for health and disease［J］.Nat Rev Microbiol，22（11）：671‑686. DOI：10.1038/s41579- 024-01068-4 .
	Rowland I， Gibson G， Heinken A， Scott K， Swann J， Thiele I， Tuohy K，2018. Gut microbiota functions：metabolism of nutrients and other food components［J］.European Journal of Nutrition，57（1）：1‑24. DOI：10.1007/s00394-017-1445-8 .
	Schloss P D， Westcott S L， Ryabin T， Hall J R， Hartmann M， Hollister E B， Lesniewski R A， Oakley B B， Parks D H， Robinson C J， Sahl J W， Stres B， Thallinger G G， Van Horn D J， Weber C F，2009.Introducing mothur： open‑source， platform‑independent，community‑supported software for describing and comparing microbial communities［J］. Applied and Environmental Microbiology，75（23）：7537‑7541. DOI：10.1128/AEM.01541-09 .
	Shah T， Hou Y， Jiang J， Shah Z， Wang Yuhan， Li Q， Xu X， Wang Yixuan， Wang B， Xia X，2023. Comparative analysis of the intestinal microbiome in Rattus norvegicus from different geographies［J］. Frontiers in Microbiology，14：1283453. DOI：10.3389/fmicb.2023.1283453 .
	Shen Yuewu， Yang Junbao， Liang Suhua， Liu Yun， Hu Jinchu，2007. Research of the small mammal spatial niche in the suburb of Nanchong［J］. Journal of China West Normal University （Natural Sciences），28（3）：216‑219. DOI：10.3969/j.issn. 1673-5072.2007.03.012. （in Chinese with English abstract）
	Shi Xiaomei， Zhao Zhiping， Zhang Weifeng，2008. The comparative experiment on daily activity of Rattus norvegicus and poisonous bait station［J］.Journal of Shanxi Agricultural Sciences，36（12）：77‑78.DOI：10.3969/j.issn.1002-2481.2008.12.030. （in Chinese with English abstract）
	Sorbara M T， Littmann E R， Fontana E， Moody T U， Kohout C E， Gjonbalaj M， Eaton V， Seok R， Leiner I M， Pamer E G，2020. Functional and genomic variation between human‑derived isolates of lachnospiraceae reveals inter‑ and intra‑species diversity［J］.Cell Host & Microbe，28（1）：134‑146.e4. DOI：10.1016/j.chom.2020.05.005 .
	Stackebrandt E， Goebel B M，1994. Taxonomic note： a place for DNA‑DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology［J］. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology，44（4）：846‑849. DOI：10.1099/00207713-44-4-846 .
	Stuart A， Prescott C， Singleton G，2008. Biology and management of rodent communities in complex agroecosystems‑lowlands［J］. Philippine Rice Research Institute，37‑55.
	Sutoyo D A， Atmaka D， Sidabutar L M G，2020. Dietary factors affecting firmicutes and bacteroidetes ratio in solving obesity problem： a literature review［J］. Media Gizi Indonesia，15（2）：94. DOI：10.20473/mgi.v15i2.94-109 .
	Tamura K， Stecher G， Kumar S，2021. MEGA11：molecular evolutionary genetics analysis version 11［J］. Molecular Biology and Evolution，38（7）：3022‑3027. DOI：10.1093/molbev/msab120 .
	Tremaroli V， Bäckhed F，2012. Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism［J］.Nature，489：242‑249.DOI：10.1038/nature11552 .
	Trevelline B K， Kohl K D，2022.The gut microbiome influences host diet selection behavior［J］.Proceedings of the National Academy of Sciences，119（17）：e2117537119. DOI：10.1073/pnas.2117537119 .
	Vinderola G， Ouwehand A， Salminen S， von Wright A，2024. Lactic acid bacteria：microbiological and functional aspects［M］.Boca Raton，London，New York：CRC Press，1‑835. DOI：10.1201/9781003352075 .
	Wang Ling， Xiao Hansen， He Yaming， Li Zhifeng， Zhao Ting， Duan Gang，2024. Gut bacteria of Rattus tanezumi in Chongqing section of Three Gorges Reservoir Area，China based on high throughput sequencing［J］. Chinese Journal of Microecology，36（5）：504‑511，517. DOI：10.13381/j.cnki.cjm.202405002. （in Chinese with English abstract）
	Wang Q， Garrity G M， Tiedje J M， Cole J R，2007. Naïve bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy［J］. Applied and Environmental Microbiology，73（16）：5261‑5267. DOI：10.1128/AEM.00062-07 .
	Wang W， Li Z M， Chen Y， Zhang J H， Zhang J X， Zhang Y H，2024. Species recognition and the divergences in the chemical and ultrasonic signals between two coexisting Rattus species［J］. Current Zoology，70（4）：531‑538. DOI：10.1093/cz/zoad035 .
	Weber M G， Strauss S Y，2016. Coexistence in close relatives： beyond competition and reproductive isolation in sister taxa［J］.Annual Review of Ecology，Evolution，and Systematics，47：359‑381. DOI：10.1146/annurev-ecolsys-112414-054048 .
	Williams B A， Grant L J， Gidley M J， Mikkelsen D，2017. Gut fermentation of dietary fibres：physico‑chemistry of plant cell walls and implications for health［J］. International Journal of Molecular Sciences，18（10）：E2203. DOI：10.3390/ijms 18102203 .
	Xiao W， Zhang Q， Yu L， Tian F， Chen W， Zhai Q，2022. Effects of vegetarian diet‑associated nutrients on gut microbiota and intestinal physiology［J］. Food Science and Human Wellness，11（2）：208‑217. DOI：10.1016/j.fshw.2021.11.0022213-4530 .
	Yan Hui， Liu Shiyou， Qi Shunxiang， Li Qi，2022. Distribution and migration of Rattus tanezumi ［J］. Journal of Medical Pest Control，38（5）：463‑466. DOI：10.7629/yxdwfz202205014. （in Chinese with English abstract）
	Yepes‑Arcila N A， Colorado Z G J，2025. Microhabitat segregation，foraging behavior，and elevation enable coexistence of new world warblers（aves：parulidae）in agroforestry systems［J］. Ornithology Research，33（1）：42.DOI：10.1007/s43388- 025-00248-x .
	Zeng L， Ming C， Li Y， Su L Y， Su Y H， Otecko N O， Dalecky A， Donnellan S， Aplin K， Liu X H， Song Y， Zhang Z B， Esmailizadeh A， Sohrabi S S， Nanaei H A， Liu H Q， Wang M S， Ag Atteynine S， Rocamora G， Brescia F， Morand S， Irwin D M， Peng M S， Yao Y G， Li H P， Wu D D， Zhang Y P，2018. Out of southern east Asia of the brown rat revealed by large‑scale genome sequencing［J］.Molecular Biology and Evolution，35（1）：149‑158. DOI：10.1093/molbev/msx276 .
	Zhang Meiwen， Anguo Chan， Wang Yong， Guo Cong， Liu Huifen， Li Bo，2006.The biological characteristics of the buff‑breasted rats（Rattus flavipectus）in Yangtse Valley in China［J］.Acta Theriologica Sinica，20（3）：200‑211. DOI：10.16829/j.slxb.2000.03.007. （in Chinese with English abstract）
	Zhu Y， Chen B， Zhang X， Akbar M T， Wu T， Zhang Y， Zhi L， Shen Q，2024. Exploration of the muribaculaceae family in the gut microbiota：diversity，metabolism，and function［J］.Nutrients，16（16）：2660. DOI：10.3390/nu16162660 .
	Zmora N， Suez J， Elinav E，2019.You are what you eat：diet，health and the gut microbiota［J］.Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology，16（1）：35‑56.DOI：10.1038/s41575- 018-0061-2 .
	Gharechahi J， Vahidi M F， Sharifi G， Ariaeenejad S， Ding X Z， Han J L， Salekdeh G H，2023. Lignocellulose degradation by rumen bacterial communities：new insights from metagenome analyses［J］.Environmental Research，229：115925. DOI：10.1016/j.envres.2023.115925 .
	Ma S， Zhang Y， Li Z， Guo M， Liu B， Wang Z， Cui Y， Wang C， Li D， Shi Y，2024. Roughage quality determines the production performance of post‑weaned Hu sheep via altering ruminal fermentation，morphology，microbiota，and the global methylome landscape of the rumen wall［J］. Frontiers in Microbiomes，2：1272625. DOI：10.3389/frmbi.2023.1272625 .
	王玲，肖汉森，何亚明，李志峰，赵婷，段刚，2024. 基于高通量测序的三峡库区重庆段黄胸鼠肠道菌群分析［J］. 中国微生态学杂志，36（5）：504‑511，517. DOI：10.13381/j.cnki.cjm.202405002 .
	申跃武，杨俊宝，梁素华，刘云，胡锦矗，2007. 南充市郊区鼠型小兽空间生态位研究［J］. 西华师范大学学报（自然科学版），28（3）：216‑219. DOI：10.3969/j.issn.1673-5072. 2007.03.012 .
	师小梅，赵治萍，郑卫锋，2008. 褐家鼠活动规律与毒饵站比对试验研究［J］. 山西农业科学，36（12）：77‑78. DOI：10.3969/j.issn.1002-2481.2008.12.030 .
	刘晓辉，2022. 中国鼠害防控需求的差异、矛盾、挑战与对策［J］. 植物保护学报，49（1）：407‑414. DOI：10.13802/j.cnki.zwbhxb.2022.2022836 .
	刘璞瑜，吴群，孙定炜，刘莹，欧婷婷，曾雪霞，2024. 海南省2012—2022年鼠密度与气象因素的相关性［J］. 中国热带医学，24（12）：1507‑1512. DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r. 2024.12.12 .
	严慧，刘世友，齐顺祥，李琦，2022. 黄胸鼠的分布与迁移［J］. 医学动物防制，38（5）：463‑466. DOI：10.7629/yxdwfz 202205014 .
	张美文，陈安国，王勇，郭聪，刘辉芬，李波，2006. 长江流域黄胸鼠生物学特性观察［J］.兽类学报，20（3）：200‑211. DOI：10.16829/j.slxb.2000.03.007 .

[1]	杨婕, 唐斌, 周昊杰, 伍遇普, 向浩, 蔡志宇, 郝玉江, 石小涛. 宜昌段长江江豚行为谱构建及行为规律的研究[J]. 兽类学报, 2026, 46(6): 1-.
[2]	张泽伟, 王思雨, 李国梁. 不同生境类型和季节变化对布氏田鼠肠道菌群组成和群落组装的影响[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 688-704.
[3]	黄鑫磊, 郎伟, 冯江, 刘博宇. 蝙蝠肠道微生物研究进展[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 638-649.
[4]	薛淇元, 蔡赫, 张亦飞, 高艺, 郭秋颖, 张智慧, 金志民, 张隽晟, 刘铸. 同域中鼩鼱不同季节肠道菌群结构及功能研究[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 734-743.
[5]	张天馨, 朱万龙. 食物限制下小型哺乳动物肠道微生物的跨尺度生理生态效应[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 650-669.
[6]	袁子雨, 刘一心, 胡义波. 鼬超科动物肠道微生物组研究进展与展望[J]. 兽类学报, 2026, 46(5): 621-637.
[7]	李燏湘, 田西, 刘纯兵, 于黎. 圈养对野生哺乳动物肠道微生物的影响[J]. 兽类学报, 2026, 46(1): 1-19.
[8]	蔡振媛, 孔虹颖, 何振邦, 宋鹏飞, 郭凡, 李斌, 梁程博, 胡天石, 徐波, 林中原, 张同作. 基于形态学和DNA条形码的青藏高原东缘鼢鼠物种鉴定[J]. 兽类学报, 2026, 46(1): 116-128.
[9]	聂永刚, 张超, 高华窈, 刘翰卿, 谢冰. 中国大中型陆生哺乳动物保护研究进展[J]. 兽类学报, 2025, 45(5): 559-576.
[10]	王霞, 陈雨, 郑海峰, 钟伟, 陈丽霞, 孙雅望. 金佛山国家级自然保护区黑叶猴种群数量分布与肠道微生物组成[J]. 兽类学报, 2025, 45(3): 324-332.
[11]	董昕, 陈慧青, 张璐, 尚国珍, 吴雁, 边疆晖. 食物中蛋氨酸含量对高原鼠兔肠道微生物群落的影响[J]. 兽类学报, 2024, 44(4): 411-426.
[12]	赵星, 马锐, 吴蔚, 李明喜, 陈超, 周延山, 洪明生, 齐敦武. 不同生活环境下小熊猫皮质醇和肠道微生物的变化规律[J]. 兽类学报, 2024, 44(4): 427-435.
[13]	黄小龙, 李海波, 张旭, 程绍传, 晏玉莹, 杨伟, 蒙秉顺, 王丞, 杨杰, 冉景丞. 梵净山同域分布黔金丝猴与藏酋猴的肠道微生物结构差异[J]. 兽类学报, 2024, 44(2): 183-194.
[14]	邹书珍, 罗亚, 程鸣, 王凡, 黎大勇, 康迪, 唐贇. 滇金丝猴肠道微生物四环素抗性基因和肠道环境特征[J]. 兽类学报, 2023, 43(3): 304-314.
[15]	江峰, 宋鹏飞, 张婧捷, 高红梅, 汪海静, 蔡振媛, 刘道鑫, 张同作. 不同养殖场林麝肠道微生物组成和功能的差异[J]. 兽类学报, 2023, 43(2): 129-140.