Preliminary analysis of the molecular phylogeography of Crocidura shantungensis

doi:10.16829/j.slxb.150949

Abstract

Abstract:

In order to clarify the phylogeographic relationships, refuge during the ice age, and subspecies differentiation of Crocidura shantungensis, the complete sequence of Cyt b gene of C. shantungensis collected from the eastern and northern regions of China, complemented with sequences available from GenBank, were analyzed together, totaling 297 sequences. A total of 128 haplotypes were found in the 297 samples of C. shandongensis. Nucleotide diversity is 0.010 77. The phylogenetic tree shows four main clades. Clade 1 includes East Asian individuals and is mainly composed of haplotypes from the eastern and northern regions of China (Heilongjiang, Hebei, Liaoning, Shanxi, Shandong, Inner Mongolia), Russia Far East, eastern Mongolia, Korean Peninsula and Republic of Korea islands. Clade 2 includes some haplotypes from Taiwan, China. Clade 3 includes haplotypes partly from the Republic of Korea islands. Clade 4 includes some haplotypes from the Jeju-do Island in Republic of Korea. A similar geographical pattern was also observed in the Median-joining network analysis. The largest genetic distance (0.020 6) occurred between Taiwan of China and the Republic of Korea islands, and the largest genetic differentiation (0.758 8) occurred between Taiwan of China and the Jeju-do Island in Republic of Korea. The smallest genetic distance (0.010 8) and genetic differentiation (0.272 2) occurred between East Asia and Taiwan of China. Neutral tests indicate C. shantungensis experienced two population expansions. The results of the Median-joining network suggest that the ice age refuges of C. shantungensis were Changbaishan Mountains (Heilongjiang and Liaoning) and Shandong Peninsula (Shandong) of China, and the Korean Peninsula. The geographic areas included in this study are divided into 4 geographic subspecies. One subspecies (C. s. shantungensis) is distributed in the eastern and northern regions of China (Heilongjiang, Hebei, Liaoning, Shanxi, Shandong, Inner Mongolia), Russia Far East, eastern Mongolia, Korean Peninsula and Republic of Korea islands. The other subspecies is found in Taiwan, China. The third subspecies is found in the Republic of Korea islands, and the fourth subspecies (C. s. quelpartis) is found in Jeju-do Island in Republic of Korea.

Key words: Crocidura shantungensis, Molecular phylogeography, Genetic diversity

摘要：

为明确山东小麝鼩的系统地理关系、冰期避难所以及亚种的分化，本研究测定了中国东部和北部地区山东小麝鼩样本的Cyt b基因全序列，并结合GenBank下载序列，共获得297条山东小麝鼩Cyt b基因全序列进行一并分析。山东小麝鼩在297个样本中发现128个单倍型，核苷酸多态性为0.010 77。系统发生树显示具有4个主要支系：支系1为东亚大陆支系，主要由来自中国东部和北部地区（黑龙江、河北、辽宁、山西、山东、内蒙古）、俄罗斯远东地区、蒙古国东部、朝鲜半岛和部分韩国岛屿的单倍型组成；支系2由来自中国台湾的单倍型组成；支系3由一部分来自韩国岛屿的单倍型组成；支系4由来自韩国济州岛的单倍型组成。支系的分布与地理分布呈现了一定相关性。中介网络分析也观察到相似分化格局。最大的遗传距离（0.020 6）发生在中国台湾和韩国岛屿之间，最大的遗传分化（0.758 8）发生在中国台湾和韩国济州岛之间，最小的遗传距离（0.010 8）和遗传分化（0.272 2）均发生在东亚大陆和中国台湾之间。中性检验支持山东小麝鼩可能经历过2次数量急剧扩张。中介网络分析结果推测山东小麝鼩在中国长白山山脉（黑龙江和辽宁）和山东半岛（山东），及朝鲜半岛都存在冰期避难所。本研究结果支持将本研究包含的地理区域分成4个地理亚种：第1个亚种（C. s. shantungensis）分布于东亚大陆：中国东部和北部地区（黑龙江、河北、辽宁、山西、山东、内蒙古）、俄罗斯远东地区、蒙古国东部、朝鲜半岛和韩国岛屿，第2个亚种（C. s. hosletti）分布于中国台湾，第3个亚种分布于韩国岛屿，第4个亚种（C. s. quelpartis）分布于韩国济州岛。

关键词: 山东小麝鼩, 分子系统地理学, 遗传多样性

CLC Number:

Q959

Qiuying GUO, He CAI, Liuqing YANG, Zhihui ZHANG, Meifeng HAN, Jingyu ZHAO, Chunfeng ZHANG, Junsheng ZHANG, Zhu LIU. Preliminary analysis of the molecular phylogeography of Crocidura shantungensis[J]. ACTA THERIOLOGICA SINICA, 2026, 46(1): 129-139.

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Figures/Tables 7

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	附录A　GenBank下载山东小麝鼩的Cyt b序列

种群 Population	采集地点 Location	采样地海拔 Elevation/m	经纬度 Latitude and longitude	样品编号 Sample number
黑龙江 Heilongjiang	长汀地区 Changting region	1 200	128°54′30″E，44°28′11″N	Heilongjiang 1、Heilongjiang 2
	镜泊湖地区 Jingpo Lake region	351	12°94′49″E，44°00′31″N	Heilongjiang 3 ~ 5
	密山地区 Mishan region	560	132°14′90″E，48°80′31″N	Heilongjiang 6 ~ 11
	牡丹峰地区 Mudanfeng region	480	129°04′52″E，44°47′48″N	Heilongjiang 12
	凤凰山地区 Fenghuangshan region	520	128°12′40″E，44°27′48″N	Heilongjiang 13
内蒙古 Inner Mongolia	呼伦湖地区 Hulun Lake region	720	117°53′17″E，48°37′20″N	Neimeng 1
辽宁 Liaoning	新宾地区 Xinbin region	480	125°25′30″E，41°36′15″N	Liaoning 1 ~ 13
河北 Hebei	廊坊地区 Langfang region	13	116°11′00″E，39°10′99″N	Hebei 1、Hebei 2
山东 Shandong	辛庄地区 Xinzhuang region	48	120°13′32″E，37°29′55″N	Shandong 1 ~ 18

种群 Population	采集地点 Location	采样地海拔 Elevation/m	经纬度 Latitude and longitude	样品编号 Sample number
黑龙江 Heilongjiang	长汀地区 Changting region	1 200	128°54′30″E，44°28′11″N	Heilongjiang 1、Heilongjiang 2
	镜泊湖地区 Jingpo Lake region	351	12°94′49″E，44°00′31″N	Heilongjiang 3 ~ 5
	密山地区 Mishan region	560	132°14′90″E，48°80′31″N	Heilongjiang 6 ~ 11
	牡丹峰地区 Mudanfeng region	480	129°04′52″E，44°47′48″N	Heilongjiang 12
	凤凰山地区 Fenghuangshan region	520	128°12′40″E，44°27′48″N	Heilongjiang 13
内蒙古 Inner Mongolia	呼伦湖地区 Hulun Lake region	720	117°53′17″E，48°37′20″N	Neimeng 1
辽宁 Liaoning	新宾地区 Xinbin region	480	125°25′30″E，41°36′15″N	Liaoning 1 ~ 13
河北 Hebei	廊坊地区 Langfang region	13	116°11′00″E，39°10′99″N	Hebei 1、Hebei 2
山东 Shandong	辛庄地区 Xinzhuang region	48	120°13′32″E，37°29′55″N	Shandong 1 ~ 18

遗传多样性参数 Genetic diversity indices	山东小麝鼩 Crocidura shantungensis （n = 297）	东亚大陆 East Asian Continent （n = 209）	中国台湾 Taiwan，China （n = 29）	韩国岛屿 Republic of Korean islands （n = 29）	韩国济州岛 Jeju-do Island in Republic of Korea （n = 30）
Cyt b基因全序列的长度 Length of Cyt b the complete gene sequence/bp	1 140	1 140	1 140	1 140	1 140
单倍型数量 Number of haplotypes， k	128	93	11	9	15
多态位点数量 Number of polymorphic sites， s	173	120	23	27	32
单倍型多态性 Haplotype diversity， h	0.980 3	0.970 0	0.732 0	0.874 0	0.915 0
核苷酸差异平均数 Average number of nucleotide differences， i	12.049	6.255	3.833	7.759	4.874
核苷酸多态性 Nucleotide diversity， π	0.010 77	0.005 59	0.003 42	0.006 93	0.004 36
Tajima’s D	-1.765 17，P < 0.05	-2.175 83，P < 0.01	-1.228 98，P > 0.10	-0.463 36，P > 0.10	-1.440 20，P > 0.10
Fu’s FS	-2.968 25，P < 0.05	-4.197 13，P < 0.02	-1.323 46，P > 0.10	-1.343 25，P > 0.10	-2.652 23，P < 0.05

遗传多样性参数 Genetic diversity indices	山东小麝鼩 Crocidura shantungensis （n = 297）	东亚大陆 East Asian Continent （n = 209）	中国台湾 Taiwan，China （n = 29）	韩国岛屿 Republic of Korean islands （n = 29）	韩国济州岛 Jeju-do Island in Republic of Korea （n = 30）
Cyt b基因全序列的长度 Length of Cyt b the complete gene sequence/bp	1 140	1 140	1 140	1 140	1 140
单倍型数量 Number of haplotypes， k	128	93	11	9	15
多态位点数量 Number of polymorphic sites， s	173	120	23	27	32
单倍型多态性 Haplotype diversity， h	0.980 3	0.970 0	0.732 0	0.874 0	0.915 0
核苷酸差异平均数 Average number of nucleotide differences， i	12.049	6.255	3.833	7.759	4.874
核苷酸多态性 Nucleotide diversity， π	0.010 77	0.005 59	0.003 42	0.006 93	0.004 36
Tajima’s D	-1.765 17，P < 0.05	-2.175 83，P < 0.01	-1.228 98，P > 0.10	-0.463 36，P > 0.10	-1.440 20，P > 0.10
Fu’s FS	-2.968 25，P < 0.05	-4.197 13，P < 0.02	-1.323 46，P > 0.10	-1.343 25，P > 0.10	-2.652 23，P < 0.05

地理区域 Geographical distribution	东亚大陆 East Asian Continent	中国台湾 Taiwan， China	韩国济州岛 Jeju-do Island in Republic of Korea	韩国岛屿 Republic of Korea islands
东亚大陆 East Asian Continent		0.272 2*	0.471 5*	0.417 5*
中国台湾 Taiwan， China	0.010 8		0.758 8*	0.664 5*
韩国济州岛 Jeju-do Island in Republic of Korea	0.018 2	0.019 3		0.609 0*
韩国岛屿 Republic of Korea islands	0.019 7	0.020 6	0.015 1